Maria Nowak-Vogl leitete die Kinderbeobachtungsstation seit ihrer Gründung 1954 bis zu ihrer Pensionierung 1987. Tausende Kinder aus Tirol, Vorarlberg, Südtirol, Salzburg und Bayern wurden in der Kinderbeobachtungsstation aufgenommen, untersucht und behandelt. 3.650 PatientInnen sind dokumentiert.

Zuweisende waren vor allem Erziehungs- und Kinderheime und die Jugendfürsorge. Die Aufenthaltsdauer betrug durchschnittlich sechs bis acht Wochen mit Ausnahmen darunter und Spitzen weit darüber. Zahlreiche Kinder wurden mehr als einmal aufgenommen.

1954 gliederte die Tiroler Landesregierung auf Wunsch des Landesjugendamtes die aus einem Zimmer bestehende kinderpsychiatrische Station aus der Psychiatrisch-Neurologischen Universitätsklinik Innsbruck aus. Sie errichtete die Kinderbeobachtungsstation unter der Leitung von Maria Nowak-Vogl im Rahmen des allgemeinen Krankenhauses in der Sonnenstraße 44 in Innsbruck-Hötting als selbstständige Abteilung, die administrativ der Direktion des Landeskrankenhauses unterstellt war.

Bei der Kontrollverantwortlichkeit gab es Doppelgleisigkeiten, zuständig waren die Direktion des Innsbrucker Landeskrankenhauses und die Jugendfürsorge des Landes Tirol. Maria Nowak-Vogl war zum einen als Ärztin tätig und damit dem Klinikvorstand untergeordnet, zum anderen war sie eine Angestellte des Landesjugendamtes.

1979 wurde die Kinderbeobachtungsstation im „Vinzenzhaus“ am Klinikgelände untergebracht und somit wieder in die Innsbrucker Universitätsklinik für Psychiatrie entsprechend dem Wunsch des neuen Leiters Kornelius Kryspin-Exner eingegliedert. Nowak-Vogl befand sich in einer Doppelrolle: Zum einen hatte sie den Status einer Primaria und damit ein gewisses Maß an Eigenständigkeit in ihren Entscheidungen. Andererseits war sie aber auch Kryspin-Exner unterstellt, der nach der ORF Sendung „teleobjektiv“ 1980, in der Nowak-Vogl heftig kritisiert wurde, einige wesentliche Missstände abstellen ließ. Die Verabreichung von Epiphysan gegen „Hypersexualität“ ebenso wie ihre Hausordnung.

Die gerichtlichen Erhebungen nach einer von Walter Guggenberger, dem damaligen Vorsitzenden der Tiroler Jungsozialisten, eingebrachte Anzeige gegen Maria Nowak-Vogl wurden wieder eingestellt. Ausschlaggebend war ein Gutachten von Andreas Rett, der den Einsatz von Epiphysan für unbedenklich hielt, da er selbst rund 500 Menschen mit Behinderung dieses Arzneimittel zur Regulierung ihrer Sexualität verabreicht hatte.